市水务局设下列内设机构：
（一）党政办公室（组织人事科、财务科）。负责机关日常运转工作，承担信息、保密、信访、政务公开、对外宣传、绩效管理、档案管理和水文化建设等工作。负责机关内部规章制度建设。负责督促检查水务重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实情况。组织全市水务科技和水务信息化工作。
负责机关并指导下属事业单位的干部人事、劳动工资、教育培训、机构编制、队伍建设等工作。负责机关离退休干部的管理服务工作，指导下属单位的离退休干部工作。
负责水务行业财政资金的预算、使用、财务管理、监督和行政事业性收费的资金管理工作。负责局属固定资产的监督管理。提出有关水务价格、收费、基金、信贷的建议。负责局机关财务管理和会计核算工作。指导水务行业财务管理和会计核算工作。
负责机关及所属单位内部审计和内管干部经济责任审计工作。
负责机关和所属单位党建工作，指导系统党建、精神文明和作风建设工作。
（二）规划计划科（基本建设科）。拟订全市水务发展规划及年度计划并组织实施。组织编制全市水务综合规划、专业规划、专项规划并监督实施。编制昆台水务合作规划。承担重大水务项目的统筹协调和推进等工作。对有关国民经济和社会发展规划、城乡总体规划、国土空间规划等相关涉水规划中的内容提出意见建议。按规定组织编制、审核项目建议书、可行性研究报告、初步设计报告文件等。
指导全市水务建设管理工作；组织实施水务工程质量和安全监督，按规定组织或监督水务工程建设的验收；负责水务建设市场的监督管理和水务建设市场信用体系建设；负责水务建设统计工作。指导全市圩区建设、节水灌溉、农村河道疏浚和生态河道等工程建设与管理工作。
负责水务工程招投标活动的监督管理工作。负责水务工程建设项目招标投标活动的监督管理工作。贯彻执行国家、省、市有关水务工程建设项目招标投标的法律法规和方针政策。拟定本市水务工程建设项目招投标的实施办法和细则，并监督实施。按相应的审批权限，接受招标人招标前提交备案的招标报告。监督招标文件审查、标底编制、开标、评标和定标等活动。受理管理权限范围内的水务工程建设项目招标投标活动的投诉，调解和处理招标投标过程中发生的纠纷。依法查处和纠正违反招标投标法规的行为。接受招标人提交的招标投标情况书面总结报告等备案材料。负责招投标项目的档案资料管理。
（三）水资源与生态河湖科（河湖长制管理科）。指导全市水域及其岸线的管理和保护，指导骨干河道、湖泊的开发、治理和保护。指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作，指导退圩还湖工作；会同相关部门指导全市河湖保护规划编制工作。负责全市水土保持工作。负责全市建设项目水土保持方案的监督实施及水土保持设施的验收工作。负责全市河湖采砂（取土）的统一管理和监督检查。
协助编制水资源保护和节约用水规划并监督实施；承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；依法收取水资源费、水利工程水费等规费；组织水资源承载能力监测预警工作；指导水量分配工作并监督实施；协调河湖生态流量水量管理；负责饮用水水源保护有关工作；负责水源地日常监测；指导全市蓝藻打捞工作；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护，组织指导地下水超采区综合治理；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。指导全市节约用水工作，拟订全市节约用水政策，编制并协调实施节约用水计划，监督实施行业用水标准、用水总量、用水效率控制和定额管理制度；指导和推动全市节水型城市、节水型社会建设工作；会同有关部门指导农业节水工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
承担市全面深化河长制改革工作办公室的日常工作。负责河湖长制工作的组织实施，研究制定相关管理规定，安排年度工作任务；向市级河湖长提出工作建议，落实市级河湖长确定的事项，对河湖长制工作情况进行检查、评价、考核，协调督导河湖长制工作重点事项和问题，协调跨行政区域河道相关河湖长制工作；承担河湖长制培训、宣传、信息工作，建立河湖长制管理信息化系统。指导全市水环境治理和黑臭水体整治。
（四）水业管理科。负责全市供排水行业监管，协助编制供排水规划。开展全市供水水质监督管理工作；参与供水水价规划和水价调整工作；参与制定供排水工程计划；协助督查市级供排水设施建设；承担供排水调度及监督实施工作；指导全市供排水特许经营工作；负责市级供排水综合协调工作；指导供排水突发公共事件的应急管理工作。指导雨洪资源利用的工程建设与管理。参与污水处理费规划和价格调整工作；依法收取污水处理费等规费；负责全市排水工程及生活污水处理设施运行的监管；负责全市城乡生活污水治理的管理工作；指导全市控源截污、雨污分流工作；负责城市排水防涝和初期雨水管理。指导建立昆台水务合作平台。推进昆台水务产业深度对接和民间合作交流，协助台资（台湾）企业、人才参与昆山水环境治理研究及水务基础设施建设。
根据法律法规、国家和省有关文件以及江苏省、苏州市部门行政权力清单，负责本部门行政审批事项的有关工作，并限时办结；指导全市水务行业政风行风和便民服务工作。对审批权限下放的区镇进行相关业务指导。组织指导有关防洪、水土保持、水资源论证评价工作。
（五）工程运行管理科（安全与法规科）。指导全市水利设施的管理、保护和综合利用；拟订全市重点防汛、岁修、急办工程计划并组织实施。指导水旱灾害防御和水量调度工作；指导监督调水工程的调度管理等工作；组织编制水利工程运行调度规程，指导泵站、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界。指导、协调、检查、督促全市河道长效管理工作。负责市属水利工程的运行管理。
组织开展有关水务改革与发展的政策研究；负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施；拟订昆台水务合作的相关政策；指导法治水务建设和依法行政工作；指导行政执法工作；承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；指导水务系统法治宣传教育和普法宣传工作。贯彻执行水务行业有关安全生产的政策、法规；负责水务系统安全生产管理工作；组织制定水务行业安全生产性文件。督促系统各单位严格履行安全监管职责、落实安全生产责任制，监督检查全系统安全生产工作；指导协调各类应急事件的处置工作。负责水务系统安全生产教育及宣传工作。
