清雍正二年（1724年），分昆山县置新阳县，两县同城分治。咸丰十年（1860年）四月，太平天国忠王李秀成部将江南文将帅李文炳取昆山、新阳两县，改昆山名昆珊，两县同属太平天国苏福省。同治二年（1863年）四月，太平军退走，复名昆山，与新阳县同属苏州府。

中华民国元年（1912年），昆山、新阳两县合并，仍名昆山县，属江苏省上海道。民国3年6月，省改设5道，昆山属苏常道。民国16年废道，直属江苏省。民国22年，省设13个行政督察区，昆山属第三区行政督察专员公署。同年12月，省改设9个行政督察区，昆山属无锡区督察专员公署。民国24年9月，省改设10个行政督察区，昆山属第二区行政督察专员公署。民国26年11月15日，日军占领昆山。次年5月，直属日伪江苏省政府。民国29年3月，汪伪国民政府在南京成立，昆山直属伪江苏省政府。民国34年8月，抗日战争胜利，伪政府倒台。9月，昆山属江苏省江南行署。10月，省撤江南行署，建第二区行政督察专员公署，昆山为属县。民国37年4月，省改设9个行政督察区，昆山隶属不变。

1949年5月13日昆山解放，属华东军政委员会苏南苏州行政区专员专署。1950年10月14日，苏南苏州行政区专员公署改称苏南人民行政公署苏州专员公署，昆山属苏州专员公署。1953年1月1日，江苏省人民政府成立，昆山属江苏省苏州专员公署。1968年3月26日，苏州专员公署改称苏州专区革命委员会，1971年4月13日更名苏州地区革命委员会，1978年7月改为苏州地区行政公署，昆山均为属县。1983年1月18日，经国务院批准江苏省实行市管县新体制，3月1日撤苏州地区行政公署，昆山属苏州市。1989年昆山撤县建市迄今。